牛顿的个人虔诚生活被完整地记录在日记中。日记表明牛顿每天早晨5点起床，至少要花上两个小时读经和祈祷。他写道：“唯有他是生命之源，其余的都是我们打上来装在桶里的水。”不过，有许多天，他发现“打水”也是一件难事。正如他经常承认的，一个人祈祷时，他的注意力很容易游移。为了击退这种漂浮倦怠的思绪，他想出一个办法，先是大声朗读一段经文，然后让自己投入到当时的情境中。他回忆说：“有时我会假想让自己参与一场想象中的谈话，有时我会受邀发表自己的看法。”这些与上帝进行的谈话式的祈祷通常是口头的，但有许多被改写记录在日记中了。从纸页上布满的流畅的圣经式文句，可见它们一定出自牛顿滔滔不绝的倾诉。他很少沉思冥想，也很少像一些具有艺术倾向的人那样，喜欢以虔诚的想象的图景或图像来代替祈祷的言词。在祷告时，牛顿的语言如激流奔涌，它们经常直接地表达对上帝的感恩，感谢他赐的怜悯、平安与恩慈，它们传达出牛顿与上帝进行深入灵交时心灵所受的影响。毫无疑问，在奥尼，牛顿以上帝仆人的心态与感情来依靠他。他写道：“我常常发现，祈祷是我的现状的指针。那真的就是天国之门。”

　　当牛顿开始环绕奥尼周围每天散步时，他对天堂之门又有了新的感受。他热爱大自然，喜欢白金汉郡的美丽乡村，这里有一条贯穿三个教区的乌斯河，他养成了沿着河边漫步的习惯。散步之时，他全神贯注于沉思冥想中，经常无意间走到邻近的乡村或者他牧养的教民的房屋前。这些沉思冥想并不是对一篇经文或诸如良心自省类具体操练的正式思考。它们是自由流动的体验性的默想，他描述说，“我们可以对那些在我们内心和身外流经的一切进行观察，这就是我们所言的体验”。

　　牛顿把周六晚上的散步称为“严肃的漫步”。在冬天，这就成为他的“严肃的退修时光”。他把这当作一个机会，回想自己前一周的罪和过犯，同时也为第二天带领教会的敬拜做预备。在圣餐主日之前的周六，他在灵性上的预备内容更深刻，时间也更长。在祈祷中，他让自己的虔诚侍奉全神贯注于基督爱的救赎上，相信圣餐中的饼与葡萄酒是上帝与人立新约的象征标记。牛顿认为，在准备接受圣餐时，应该让自己通过对上帝同在的感知而获得深刻的灵性的释放。如果没能做到这点，那么无论在预备还是带领圣餐时，他都会因“纪念基督舍命之爱”信心不够完全而自责。

　　尽管自责和忏悔是牛顿祈祷生活的重要特征，但他因罪得赦免和灵魂得救而生出的火热信心超越了它们。对得救的感恩表达是其信仰生活的主导，尤其在某些周年纪念日更是如此。他从不曾忘记在每年3月21日进行特别的祈祷，1748年的这一天是他在大西洋的狂风暴雨中度过的“重大转折的日子”，他从此开始了朝向归信的信仰之旅。8月4日生日这一天，他通常把它当作确定委身进入服侍的日子来纪念。在其他重要的日子如与波琳的结婚纪念日（2月12日）、她的生日（2月2日）和新年，牛顿也会进行额外的祈祷。他习惯于通过数算和感恩来纪念这些大事。

　　摘自约拿单·艾特肯著《奇异恩典－－约翰·牛顿传》，第29章“祈祷与《教会史》”